第一原理計算について
VASPのインストール方法 (2021/6/14現在)
参考:第一原理計算パッケージVASPの環境構築 (ほぼ、この通り。)基本要件
Intel oneAPI Toolkitのインストール
*VASPで必要なC++もインストールされる. 結構時間がかかる.
*マスカーネルライブラリ(MKL)やFortranコンパイラー等がインストールされる.
*oneAPIは, /opt/intel/oneapiにインストールされる.
*念の為, which ifortで確認しておく.
VASPのインストール
*UsernameとPasswordは, 山中が知っている.
*最新は, vasp 6.2.1である.
cd vasp.6.2.1
3行目あたりの, -DMPI_BLOCK=32000 の箇所を, 使用するCPUのL1キャッシュに合わせて変更する.
L1キャッシュの大きさは, https://en.wikichip.org/wiki/WikiChipで調べることができる.
例えば, Intel Xeon Gold5220Rの場合, L1キャッシュは 768 kBであるので
-DMPI_BLOCK=768000
と設定する.
次に, 1行下の -DCACHE_SIZE=16000 を上記L1キャッシュの半分の値とする. 上記の例ならば
-DCACHE_SIZE=384000
と設定する.
(2)コンパイル時の最適化オプションを設定する.
OFLAG = -O2 の箇所を, OFLAG = -O3 -xSKYLAKE-AVX512 に変更する.
* OFLAG = -O2のままでもOKである.
(3)GPU関連の行を全てコメントアウトする.
* 結構時間がかかるので, 待つ. これで, buildディレクトリに, vasp ができていれば, ビルド(インストール)成功である.
https://www.vasp.at/wiki/index.php/H2Oにある, H2O.tarをダウンロードする.
ダウンロードしたファイル(H2Oというフォルダ名とする)を, vaspのフォルダに入れる.
?vasp6.2.1?build?stdにあるvaspをコピーし, H2Oフォルダにペーストする.
H2Oフォルダ内にて, ターミナルで,
./vasp
とすれば, シリアル実行される.
mpirun -np 4 ./vasp
などとすれば, 並列実行される.